W 1977 roku rozpoczął studia doktoranckie na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W 1981 roku obronił rozprawę doktorską „Realizacja odnowy katechetycznej Soboru Watykańskiego II w archidiecezji krakowskiej” napisaną pod kierunkiem ks. prof. dr. hab. M. Majewskiego.
Po zakończeniu studiów doktoranckich pracował na Wydziale Katechetycznym Kurii Metropolitalnej w Krakowie.
Od 1981 do 1987 roku wykładał katechetykę na Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie.
W 1987 roku został wicerektorem krakowskiego seminarium duchownego (do 1988).
Działalność duszpasterska
W latach 1973–1975 pracował jako wikariusz w parafii pw. św. Elżbiety w Jaworznie-Szczakowej, a następnie w parafii pw. św. Małgorzaty w Raciborowicach.
Od 1981 pracował w duszpasterstwie w skawińskiej parafii pw. Miłosierdzia Bożego.
16 kwietnia 1988 papież Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym metropolity krakowskiego i biskupem tytularnym Villa Regis. Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa Ex hominibus, pro hominibus (Z ludu i dla ludu). Konsekracji na Wawelu przewodniczył 4 czerwca 1988 kard. Franciszek Macharski, współkonsekratorami byli abp Jerzy Ablewicz i abp Stanisław Nowak.
W latach 1988–2004 pełnił urząd wikariusza generalnego archidiecezji krakowskiej. Organizował trzy ostatnie pobyty Jana Pawła II w Krakowie podczas papieskich pielgrzymek.
9 czerwca 2004 Jan Paweł II mianował go biskupem diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Ingres do katedry w Koszalinie nastąpił 7 sierpnia 2004. Funkcję tę pełnił do 2007 roku.
Od grudnia 2004 roku jest członkiem Rady Stałej Konferencji Episkopatu Polski. W Episkopacie pełni także funkcję przewodniczącego Komisji Rewizyjnej i członka Komisji Duszpasterstwa, Rady ds. Środków Społecznego Przekazu i Zespołu ds. Społecznych Aspektów Intronizacji Chrystusa Króla.
3 marca 2007 papież Benedykt XVI mianował go arcybiskupem metropolitą warszawskim. Ingres do bazyliki archikatedralnej św. Jana Chrzciciela w Warszawie odbył się 1 kwietnia 2007.
9 czerwca 2007 Benedykt XVI mianował go ordynariuszem wiernych obrządku wschodniego w Polsce, pozbawionych własnego obrządku.
20 października 2010 otrzymał nominację kardynalską, a biret kardynalski oficjalnie odebrał 20 listopada. 29 kwietnia 2011 objął swój kościół tytularny w Rzymie – bazylikę Świętych Sylwestra i Marcina w Monti.
W 2013 roku uczestniczył w Konklawe, na którym papieżem wybrano Franciszka.
