Startowała w wyborach do Parlamentu Europejskiego w maju 2014 roku, jednak bez sukcesu. W lipcu tego samego roku stanęła na czele think tanku Twojego Ruchu „Plan Zmian”, a w listopadzie wstąpiła do TR. W wyborach parlamentarnych w 2015 roku była liderką koalicji wyborczej Zjednoczona Lewica i jej kandydatką do Sejmu w okręgu warszawskim. Zdobyła 75 813 głosów, lecz nie dostała się do Parlamentu ponieważ Zjednoczona Lewica nie przekroczyła progu wyborczego.
W grudniu 2016 roku czasopismo „Foreign Policy” umieściło Barbarę Nowacką, wraz z Agnieszką Dziemianowicz-Bąk, na liście FP Top 100 Global Thinkers, uzasadniając to ich udziałem w organizacji czarnego protestu przeciwko projektom zaostrzenia prawa antyaborcyjnego w Polsce.
We wrześniu 2018 roku Barbara Nowacka przystąpiła wraz ze swoim stowarzyszeniem Inicjatywa Polska do Koalicji Obywatelskiej. W wyborach parlamentarnych w 2019 roku Nowacka otwierała listę Koalicji Obywatelskiej w okręgu gdyńskim i zdobyła mandat posłanki IX kadencji.